Chania memiliki satu terminal kecil yang tampak modern, yang sangat mudah dinavigasi. Jarak ke pesawat sangat dekat; selama musim panas, bersiaplah menghadapi kerumunan besar di ruang yang relatif sempit.

Lihat hotel di Chania

Proses check-in untuk penerbangan ke dan dari Wilayah Schengen dilakukan di ruang tunggu bersama. Penumpang baru dipisahkan setelah melewati pemeriksaan keamanan bersama; beberapa gerbang terletak di luar pemeriksaan paspor, sementara yang lain tidak.

Baik ruang keberangkatan maupun kedatangan berada di lantai dasar.

Bandara ditutup antara kedatangan terakhir dan kedatangan pertama; jam operasional biasanya mulai pukul 04.00 hingga tengah malam.