FlyLili mengoperasikan penerbangan terjadwal sendiri hingga Januari 2025, tetapi sejak saat itu secara eksklusif mengkhususkan diri dalam penerbangan untuk agen perjalanan dan operator tur ke tujuan liburan tepi laut.

Maskapai ini terbang terutama ke destinasi di Turki, Mesir, Yunani dan Tunisia serta bekerja sama dengan operator tur di Rumania, Republik Ceko dan Polandia.